目前为止，结肠息肉的病因不清。有些可能与长期炎症刺激或遗传相关。
结肠息肉的发生与许多因素有关：
1、长期腹泻，很多病人肠道黏膜容易过敏，例如饮酒、吃辣椒或油腻食物或海鲜后出现腹泻，有些病人会无原因的出现腹泻，这样，肠道黏膜会出现慢性炎症，易导致肠道息肉生长。
2、长期便秘，便秘的病人经常是几天排便一次，粪便长期在肠道内储存会产生各种毒素，导致肠黏膜出现慢性炎症，易生长息肉。
3、遗传，例如家族性息肉病就是一种遗传疾病。
4、炎症性疾病，如溃疡性结肠炎、克隆恩病等疾病易出现息肉。
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